El Museo Mulaló tiene como antecedente el Museo Histórico Simón Bolívar creado el 05 de mayo de 1990 por la Junta de Acción Comunal con el apoyo del arquitecto Iván Escobar Melguizo. Este “museo” tenía como objeto exaltar la figura del Libertador Simón Bolívar y su paso por Mulaló en 1822 y 1829; estaba ubicado en la capilla san Antonio de Padua, última evidencia arquitectónica de lo que fuera la Gran Hacienda Colonial de Mulaló. En este espacio la comunidad de forma aleatoria ubicaba objetos que fueron cobrando vida en el imaginario de los visitantes; era muy apreciado por la comunidad, quien lo seguía llamando museo y con orgullo lo promocionaba ante los medios de comunicación y las diversas instancias de la municipalidad y el departamento. Paradójicamente aunque el pequeño museo no era sostenible financieramente se había constituido en el eje fundamental del proyecto de comunidad el cual, se posiciona en la región como Mulaló Pueblito Vallecaucano: Centro Histórico y Cultural del Valle del Cauca.

Desde 1998, en el contexto de las mesas de concertación internas para la elaboración del plan de desarrollo de Mulaló, y otros espacios de participación, donde se debatían diversos proyectos de interés de la comunidad se comienza a plantear la necesidad de reconceptualizar el guión histórico del museo. Esto se hizo a partir de la construcción de un discurso narrativo que desde la gestión y visión de la comunidad permitiera articular los procesos históricos locales a las dinámicas regionales, nacionales y latinoamericanas, que respondiera a las necesidades de una comunidad que reclamaba la visibilización, resignificación y redignificación de sus valores y tradiciones como comunidad afrodescendiente. El proceso implicó redimensionar la visión del museo de manera que su discurso expresara la relación ancestral de la comunidad étnica de Mulaló con su territorio durante más de doscientos años, generando una transformación sustancial del enfoque del Museo Histórico Simón Bolívar a la narrativa museológica del Museo.